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長庚醫院大腸直腸外科成立於西元1976年，主要診斷治療大腸直腸肛門方面疾病。在歷屆主任及前輩醫師的努力下，至今已施行數萬例大腸肛門手術、嘉惠眾多病患。發展至今，除台北林口院區外，基隆、嘉義、高雄長庚皆有大腸直腸外科之設立，服務遍佈北中南台灣。

1.大腸內視鏡檢查：　
◇特色---無痛性大腸內視鏡檢查、色差顯像大腸內視鏡。　
◇主治---大腸腫瘤及炎症病變之診斷、內視鏡息肉切除手術。
2.直腸超音波檢查及經肛門直腸內視鏡手術：　
◇特色---由直腸超音波檢查篩選出早期直腸癌，經肛門直腸內視鏡之微小切除手術，可免除腹部開刀之大手術及保存肛門。　
◇主治---直腸腫瘤分期之診斷、直腸內視鏡息肉或早期直腸癌切除手術。
3.腹腔鏡大腸直腸手術：　
◇特色---由腹腔鏡施行大腸直腸切除手術，傷口比腹部開刀之手術小，術後傷口較不痛，恢復較快。　
◇主治---大腸直腸腫瘤及其他良性病變。
4.低前方位廣泛性直腸切除手術：　
◇特色---先由肛門切斷直腸，再經腹部手術廣泛性切除直腸後，將直腸與肛門吻合，可保存肛門及免除腹部人工肛門造廔口。　
◇主治---直腸惡性腫瘤。
5.肛門能檢查及肛門手術：　
◇特色---本科能即時於門診施行專業的肛門直腸檢查，能充分掌握肛門生理功能，施行肛門手術併發症少，無肛門失禁之虞。　
◇主治---痔瘡、肛門廔管、肛門腫瘤等等。
6.專業且完善的肛門傷口及造廔口護理照顧。　
◇特色---由於肛門傷口及造廔口不同於一般傷口，本科特設造廔口治療室，由專業造廔口治療師護理照顧。　
◇主治---肛門傷口護理、造廔口照顧之衛教與訓練、造廔口皮膚護理等。