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民國65年，胸腔心臟血管外科成立，由張昭雄醫師擔任科主任。
民國67年，至民國74年，陸續有謝敏暲醫師李銘崇醫師林萍章醫師加入。
民國80年，林萍章醫師接任科主任。
民國81年，劉會平醫師加入，專攻胸腔外科，本科真正開始有專人負責胸腔手術。三月完成國內第一例胸腔鏡手術(自發性氣胸)，同年七月購入第一套影像輔助式胸腔鏡設備，於八月份正式啟用，並陸續完成系列影像輔助胸腔鏡手術，包括肺腫瘤、肺葉切除、縱膈腔腫瘤、食道等手術，並多次創台灣首例。
民國82年，具"長庚"特色之胸腔鏡手術正式推向國際舞台。同年底本科加入全院性食道癌整合治療小組，推動術前CCRT治療計劃。
民國84年，完成單肺移植動物實驗，並通過衛生署檢定為合格肺臟移植醫院。同年八月胸腔外科加護病房成立，由劉會平醫師擔任病房主任。
民國86年，二月完成本院首例單肺移植手術。十二月本院舉辦第二屆亞太胸腔鏡手術研討會暨第一屆國際微創心臟手術研討會。
民國87年，吳怡成醫師加入林口胸腔外科行列。
民國88年，林口胸腔心臟血管外科功能性分科，由劉會平醫師擔任胸腔外科主任。吳怡成醫師擔任胸腔外科加護病房主任，劉永恆醫師加入，專攻氣管手術90年七月自美學成返國，擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。
民國89年，謝明儒醫師加入，擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。
民國90年，呂宏益醫師加入，現擔任高雄長庚胸腔外科主治醫師。
民國92年，陳子平醫師加入，現擔任基隆長庚胸腔外科主治醫師。
民國92年，劉會平醫師擔任林口胸腔心臟血管外科系主任兼胸腔外科主任。
民國93年，呂明憲醫師加入， 現擔任嘉義長庚胸腔外科主治醫師。
民國95年，劉會平教授榮昇，擔任基隆院區副院長。由吳怡成醫師接任胸腔外科主任。趙盈凱醫師加入，現擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。
民國96年，吳青陽醫師加入，八月起擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。
民國100年10月，劉永恆醫師接任胸腔外科主任。
民國101年，陳維勳醫師加入，八月起擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。
民國102年，溫志聰醫師加入，八月起擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。陳維勳醫師赴美進修一年。
民國103年，吳青峰醫師加入，八月起擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。九月陳維勳醫師返國歸隊。
民國104年，邱健宏醫師加入，八月起擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。
民國105年，三月吳青峰醫師赴西班牙進修一年；九月邱健宏醫師赴美進修一年。
民國106年，三月吳青峰醫師返國歸隊。七月，劉永恆醫師接任胸腔及心臟血管外科系主任，趙盈凱醫師接任胸腔外科主任。范馨月醫師加入，十一月起擔任林口長庚胸腔外科主治醫師。
民國109年7月，由趙盈凱醫師接任胸腔及心臟血管外科系主任，兼任胸腔外科主任。
民國112年7月，由陳維勳醫師接任胸腔外科主任。

服務項目
肺部腫瘤相關手術、食道腫瘤相關手術、縱膈腔腫瘤相關手術、氣管腫瘤相關手術、氣管支架置放/氣管重建手術/氣管造口術、氣胸/血胸/氣血胸/膿胸相關手術、肺臟移植、肺減容手術、胸部外傷相關手術。

醫療特色
胸腔微創手術、胸部外傷重症處理、急性氣道狹窄併呼吸衰竭之處理、胸腔腫瘤相關手術、末期肺病變之處理、臟移植手術及術後照護、腔疾病之基礎醫學研究。