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眼科歷屆系主任：
第一屆 眼科系主任 林淑妍醫師
第二屆 眼科系主任 鄧美琴醫師
第三屆 眼科系主任 郭錫恭醫師
第四屆 眼科系主任 吳佩昌醫師
第五屆 眼科部主任 陳勇仁醫師
第六屆(現任) 眼科部主任 郭明澤醫師
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沿革
1986年 林淑妍醫師擔任眼科首任主任，帶領鄧美琴、陳墩碌等2名主治醫師及7名住院醫師，成立眼科團隊；於醫學大樓7樓設置眼科門診、病房及開刀房。
1993年 提升為眼科系，並設置次專科有視網膜科、青光眼科、角膜科、小兒斜弱視暨眼屈光科等次專科。
1995年 高雄長庚兒童醫院開幕，設立兒童眼科門診，並含各次專科醫師。
1996年 鄧美琴醫師擔任第二任眼科系主任，主治醫師成長至13名，住院醫師15名，加上醫技及護理人員，全科同仁約近60人。
1997年 引進高雄地區第一部準分子雷射儀器，為廣大眼鏡族提供最新屈光矯正手術。
2002年 郭錫恭醫師擔任第三任眼科系主任，主治醫師17名、研究員醫師2名、住院醫師8名、門診技術員21名及手術室護理人員10名，鼓勵科系醫師人才國內外進修碩博士學位、推動科系學術研究風氣。
2002年　設置眼部美容暨準分子雷射中心，由方博炯醫師擔任中心負責人，並開立準分子雷射門診，提供近視雷射、眼睛健檢及眼部美容服務。[現因設備因素，不提供近視雷射服務]
2006年 高雄長庚復健大樓開幕，眼科本科系成人門診遷移至復健大樓二樓。
2008年 配合成人門診遷移至復健大樓二樓，眼科病房遷移至兒童醫院8F病房區；方博炯醫師申請夜戴型角膜塑型隱形眼鏡人體試驗案，經人體試驗委員會及衛生署審核，為台灣首位進行角膜塑型臨床試驗研究計劃主持人，該研究結果通過衛生署審查並核發全國首張角膜塑型夜戴型隱形眼鏡醫療器材許可証。
2009年 配合癌症中心設置計劃，眼科開刀房遷移至兒童醫院5F大開刀房；眼科系吳佩昌醫師、郭錫恭醫師、方博炯醫師、陳志信醫師及李仲哲醫師等醫師，合作發明抑制近視度數增加之低濃度阿托平眼藥劑及其製造方法，並取得中華民國專利証書。
2011年 通過行政院衛生署評鑑核准成立眼角膜/鞏膜/羊膜保存庫，由角膜科主任方博炯醫師擔任醫學主管，眼科開刀房李免護理長擔任品質主管；成立眼科系近視防治中心，由吳佩昌醫師擔任中心負責人，設置中心醫師團隊、個管師1名，約聘專任研究助理1名。
2012年 吳佩昌醫師擔任第四任眼科系主任，科內成員有主治醫師16名、研究員醫師1名、住院醫師10名、門診技術員21名、近視防治中心個管師1名、手術室護理人員12名、研究助理8名；承接國健署「國小低年級學童視力保健介入計劃」委託案，介入措施之結果發表獲得國際重視，榮獲2015年第43屆美國公共衛生年會頒發Dr. Mel Shipp最佳摘要獎。並於2018年發表在重量級眼科期刊雜誌Ophthalmology(IF 7.479)
2014年 因應中華民國眼科醫學會新制評鑑標準，依主治醫師個人專長分組設置青光眼科、角膜科、視網膜科、小兒暨斜弱視科、眼整型科、眼屈光、葡萄膜炎及眼神經科等八大次專科，並規劃培養各次專主治醫師人才，強化各次專科醫師團隊，以完整專科醫師教學訓練。
2015年 近視防治中心以主題「近視竟失明，戶外來護EYE！近視稍息~從離島到新視界」參加國家生技醫療品質獎／社區服務組競賽， 榮獲國家品質標章(SNQ)認證，為第一個榮獲SNQ近視防治團隊；並與國健署、國教署合作，以戶外活動防近視策略至全國分區國小學校進行研究推展工作。
2016年 榮獲入選，醫策會醫病共享決策輔助工具競賽-「白內障手術植入人工水晶體之選擇」。
2017年 舉辦第一屆「台灣近視病新知研討會」，提升眼醫近視新知專業，跨部會推動近視防治相關議題；參與「公共政策網路參與平台」，提點子讓全國民眾及政府相關權責單位正視近視防治相關議題，並具體著手進行相關政策推動，如低濃度阿托平藥水上巿、下課教室淨空。
2018年 吳佩昌醫師與近視防治中心持續主持教育部學童視力保健計劃，協助教育機關跨部會協調兒童視力保健政策，於全國各區推動近視防治預防醫學。
2019年 近視防治中心主辦：兒童近視Hold得住，散播光明 散播愛(Eye)項目，通過評核授予SNQ國家品質標章；並以卓越品質榮獲國家生技醫療品質獎 銀獎。

視網膜科：目前為南台灣主要的視網膜團隊，且醫師群多具備有國內、外進修之豐富資歷。醫師群針對不同網膜疾病進行研究，配合本科系資源整合，針對不同網膜疾病病人，提供先進的療法，並採團隊醫療方式進行治療。擁有之特色醫療包括：視網膜剝離、糖尿病網膜病變、黃斑病變及手術，早產兒視網膜病變照護，虹彩炎與葡萄膜炎診斷治療。

角膜科：專精於角膜、結膜及外眼部疾病的診斷治療與手術，除各項基本眼角膜檢查設備外，並擁有層狀角膜移植手術等先進手術儀器。
本科分子生物實驗室亦針對角膜感染病原菌提供更精準的診斷，對於隱形眼鏡及角膜塑型鏡片的驗配及其安全性提供更佳的服務。

兒童眼科：針對兒童常見的近視問題，提供低濃度阿托平眼藥水及角膜塑型來控制近視，在社區方面，與學校合作，配合學校視力檢查，提供近視防治衛教宣導，並積極倡導近視預防的重要性及行為策略。

青光眼科：醫師群對於青光眼的診療均有豐富的臨床經驗，利用擁有的各項功能性及結構性的檢查，得以早期診斷、早期治療青光眼病人，並追蹤後續青光眼的變化，調整必要的治療。

斜弱視暨眼神經科：致力於小兒眼科疾病、複視及視神經病變的診斷與治療。診斷方面著重於幼兒斜弱視及屈光異常的早期篩檢，複視及視神經病變原因的鑑別。治療方面則依據各個幼童造成斜弱視的原因與合作度不同，複視及視神經病變原因與預後之不同而作適時適當的矯正。

眼整型科：本科致力於眼瞼、眼窩及淚器等疾病之診斷與藥物治療、手術治療，提供病人眼部重建或美容整型上之醫療服務。