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高雄臨床試驗中心於2014年2月成立，現為院區管理臨床試驗之單一窗口，設立目的如下：
1.為協助高雄院區臨床試驗案件執行面及技術面協調工作，以確保臨床試驗執行品質。
2.提供高雄院區及長庚體系之臨床研究者交流平台，並輔導及協助推動醫師自行發起臨床試驗，未來朝向設立卓越臨床試驗與研究中心邁進。

臨床試驗中心主要服務項目如下：
1.協調各項臨床試驗的事務：包括廠商贊助臨床試驗之合約簽署及經費管控、統籌臨床試驗人員訓練、提供臨床試驗相關諮詢、規劃床試驗設計與數據安全監測及執行案件實地稽核等。
2.推動醫師自行發起臨床試驗：提供適當的試驗相關協助，如試驗前之試驗規劃及計畫書撰寫、試驗期間之試驗修正及變更諮詢、以及試驗結束後統計分析及學術期刊發表等，降低醫師在臨床試驗規劃上的阻力。