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病理科系於1986年元月長庚紀念醫院高雄分院開院時同時成立，下轄解剖病理科與臨床病理科，由陳維仁醫師及陳良醫師分別擔任科系主任和科主任籌備設立；由龔宏炘醫檢師擔任技術副主任。
1996年7月起由邢福柳醫師擔任臨床病理科主任；
1996年吳姬戀醫檢師擔任技術主任；
2000年李佳縉醫檢師擔任技術主任；
陳良醫師於2001年榮退；
陳維仁醫師於2002年榮退轉任病理科顧問醫師。
2002年起由邢福柳醫師擔任科系主任兼臨床病理科主任；
2009年起臨床病理科(Clinical Pathology)更名為檢驗醫學科(Laboratory Medicine)；
2009年7月宋明澤醫師擔任科主任；
2012年尤慧玲醫檢師擔任醫檢主任；
2015年7月黃琬婷醫師擔任科主任；
依據2019年06月24日(108)院醫字第123號公告，修訂本科名稱為檢驗醫學部。
2022年張永達醫檢師擔任醫檢主任；

服務目標
本科部的服務目標是提供最優質化的病患服務及提供臨床醫師即時且正確之檢驗報告，為達此目標設立品質保證及品質改善計劃，並藉由主動評估及監測所有服務項目的服務品質及適當性，藉此找出解決潛在問題的方法，並持續不斷改善檢驗服務品質，以達到優質化的病患服務的目標。

品質與特色
本科部設有多項檢驗品質指標，以持續監控檢驗前、中、後之作業流程，管理階層依據預定之時程及程序，每月召開管理審查會議，對檢驗室品質系統及檢驗活動進行審查，以確保品質系統之適切性及有效性，並導入必要之變更及改進。並於每年透過年度管理審查不斷持續精進，使醫療檢驗品質不斷提升。並於2008年6月6日經美國病理學會(The College of American Pathologists，CAP)認證委員實地訪視，成為符合國際標準之CAP認證檢驗室， 提供給國人國際化、最優質的醫療檢驗服務。目前本科部為行政院衛生福利部傳染病檢驗認可機構。