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雲林長庚醫院胃腸肝膽科在2009年12月雲林長庚醫院正式開幕後便開始提供雲林鄉親在地的消化道疾病及肝病的診療，本科初始由各有其專精領域的胡錦鴻醫師及邱文南醫師擔任雲林院區專任主治醫師，經兩位醫師多年的努力耕耘，胃腸肝膽科規模日盛儼然已是全院最大科別。有鑑於病患人數日增以及考量雲林院區鄰近眾多鄉鎮屬台灣慢性Ｂ型以及Ｃ型肝炎最高盛行率的地區，慢性肝病相關合併症如肝癌及肝硬化不斷侵蝕民眾的健康，因此自2017年10月起嘉義長庚肝膽胃腸科盧勝男副院長於雲林院區開診；2018年12月起嘉義長庚肝膽胃腸科張德生副主任亦於雲林院區開診；2019年1月起高雄長庚肝膽胃腸科醫師加入雲林長庚醫院胃腸肝膽科團隊。目前雲林長庚醫院胃腸肝膽科共有四位專任肝膽胃腸專科醫師照顧在地鄉親胃腸肝膽健康，其中更包含兩位博士級醫師，陣容完整堅強。

服務項目包括︰
‧胃腸疾病診治，包括消化性潰瘍、腹痛、腹瀉、便秘、胃腸道出血及胰臟炎等。
‧慢性肝炎、肝硬化、肝癌等診斷及治療。
‧內視鏡檢查，包括胃鏡、直腸鏡、大腸鏡及無痛胃腸鏡檢查等。
‧內視鏡治療，包括消化道止血、異物取出及息肉切除等。
‧腹部超音波檢查、肝腫瘤生檢及肝癌局部治療等。