肝癌是臺灣的一個嚴重癌症，每年大約有1萬個新個案，其中有1/10的患者在林口長庚診治。林口長庚胃腸科一直是肝癌診治的重鎮。本科率先在20年前引進射頻消融術(radiofrequency ablation)治療小型肝癌，並且在國際權威雜誌《胃腸病學》發表射頻消融術治療療效優於酒精注射術，治療成功率高於90%，而且術後病患生命存活時間與手術不相上下。這個結論一直被全世界的肝癌治療指引採納到現在，讓全世界不適合開刀的小肝癌能夠得到優質治療。
本科系對肝癌射頻消融治療設備完善，獨立的『介入超音波治療中心』進行治療。配備有虛擬實像導引超音儀(RVS)將電腦斷層或核磁共振顯示肝癌的位置轉換成超音波的圖像，幫助醫師確認腫瘤的位置。對於嚴重肝硬化或腫瘤超音波影像不清楚的患者使用對比劑顯影超音波術(contrast enhanced ultrasound)，可以將腫瘤清楚地顯影在超音波螢幕上，提供精準有效治療。針對腫瘤位於靠近腸道或者重要器官附近，引入人工腹水或人工胸水技術來保護腸道或重要器官減少併發症，另外可以增加超音波的視野以減少死角來增加消融腫瘤成功率。使用多探針聯合消融技術(multiple-electrode RFA)，同時使用二到三支探針協同燒灼技術，成功的將較大型腫瘤(3-7公分)完全治療。這些結論都已經發表在國際權威期刊獲得全世界的肯定，並且影響健保對於3-5公分肝癌治療同意給付2針組的消融針具。現在，引進微波消融技術，針對較大型的腫瘤或血管旁的腫瘤提供更好的治療成果。『臺灣腫瘤消融醫學會』是本科林錫銘教授在2012年號召國內的內外科及放射科專家所創立，推展消融治療並積極致力於技術訓練及學術交流。歷年來很多國內外醫師到本中心觀摩學習消融技術。在2016年本科消融治療獲得我國SNQ國家品質標章認證，更進一步肯定我們的水準與品質。
肝癌全身治療現在進展到免疫治療及標靶藥物治療，並且在晚期肝癌治療上取得明顯的突破。本科在門診以及住院都可以提供良好的治療環境及諮詢，我們配置有免疫治療衛教師提供免疫治療注意事項以及肝癌個案管理師協助患者就醫。針對更嚴重的晚期合併肝門靜脈侵犯肝癌患者，本科施行肝動脈灌注化學治療術，與本院的『質子治療中心』合作，提供有效治療，爭取患者生命曙光。本科對肝癌的診治，不僅對早期小腫瘤治療成功率高，並且對晚期嚴重肝癌也積極提供較高有效的完善治療照顧。
